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Le rapport de l’Inspection générale dresse un tableau pessimiste des innovations pédagogiques. « Etat des lieux du système éducatif », le rapport annuel de l’Inspection générale et de l’IGAEN « examine la question de la prise en charge des élèves dans toute leur diversité… et porte avis sur les réformes en cours ». Des avis généralement négatifs. Il en est ainsi du pilotage académique, souvent insuffisant. Il est vrai que le rapport souligne les pressions concurrentielles exercées sur le service public : celle de l’enseignement privé, des CFA. Ainsi dans l’académie d’Amiens, « de plus en plus de familles, qui attendent de l’école qu’elle fonctionne comme un « ascenseur social », se sont tournées vers l’enseignement privé catholique, l’apprentissage ou les enseignements agricoles qui, dans cette académie, ont accru leurs effectifs de 2 à 3 % tous les ans de 1990 à 1999 ». Pour assurer un minimum de pilotage, l’Inspection recommande la mise en place d’une « direction de la pédagogie placée dans chaque académie ».
Plus sévère encore est la critique portée sur les innovations pédagogiques.  » La plupart des évaluations menées dans les académies soulignent ce poids de la tradition dans la conception de l’acte pédagogique comme dans ses modalités ». Ainsi dans l’enseignement primaire, le rapport souligne  » la relative médiocrité de l’application de la réforme dans la plupart des académies ». Au collège,  » la réceptivité à la nouveauté pédagogique est variable selon les disciplines : si certaines l’accueillent favorablement (histoire et géographie, notamment), d’autres se montrent plus réticentes (sont citées par exemple les mathématiques et les langues vivantes) ».. Au lycée, face aux TPE et aux PPCP,  » les réticences demeurent nombreuses, notamment dans certaines disciplines, telles les langues vivantes ou les mathématiques » même si  » on peut estimer que l’ECJS et les TPE ont contribué de façon décisive à favoriser l’autonomie des élèves, à donner du sens aux apprentissages, à encourager les enseignants dans le renouvellement de leurs méthodes pédagogiques et à accorder un rôle déterminant à la fonction documentaire dans les établissements ».
A qui la faute ? Aux profs d’abord :  » l’âge moyen du corps enseignant dans la discipline considérée et l’individualisme des comportements ne sont sans doute pas étrangers à l’existence de ces réticences ». Mais aussi à la Desco, la Direction de l’enseignement scolaire du ministère, mise en cause nommément par l’Inspection : « on ne peut que s’interroger, en particulier, sur l’impact des multiples circulaires de la DESCO… On enregistre dans toutes les académies une critique récurrente, moins de la nature des réformes ou de leur utilité, que de leur « empilement », au fil du temps, souvent sans abrogation préalable, et de l’absence de hiérarchisation : une réforme chasse l’autre, des priorités nouvelles se succèdent chaque année, aucun suivi véritable ne se manifeste dans les démarches entreprises et la logique d’ensemble échappe aux acteurs de terrain ». L’Inspection évalue donc négativement la mise en place de la pédagogie de projet et appelle à un « moratoire  » des réformes. Une position qui explique peut-être son silence devant la destruction des pédagogies innovantes entreprise par F. Fillon.
Mais l’Inspection se penche aussi sur des sujets neufs. Ainsi elle montre les difficultés que rencontrent les « élèves intellectuellement précoces » dans le système éducatif et les épreuves que traverse la mise en place de l’Education au développement durable (EEDD).

Le rapport